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A lo largo de su curso alemán recibe las aguas del Altmühl y del Naab, por la vertiente septentrional, y las del Iller (que se le une en Ulm, desde donde se hace navegable), el Lech, el Isar y el Inn por el sur, desde las laderas alpinas.
El Oder marca la frontera con Polonia, país en el que se halla su desembocadura. Su principal afluente en territorio alemán es el Neisse, que también sirve de frontera con el país vecino. La acción de los fenómenos glaciares sobre la llanura septentrional ha determinado la formación de numerosos lagos, como el Müritz, el Mecklenburgen y el Schwerin, y pequeños cursos fluviales.
Flora y fauna. El alto desarrollo industrial, agrícola y urbano del país ha contribuido a modificar, y en algunos casos a degradar, el ambiente vegetal. La vegetación natural se diferencia según la altitud de las distintas regiones. En el litoral septentrional se da una flora pobre, compuesta por especies herbáceas y arbustos, como el brezo y otras ericáceas. Más al sur, la llanura alemana se va enriqueciendo con especies arbóreas (haya, olmo, fresno, abedul, abeto). En los macizos centrales, los originarios bosques de hoja caduca (haya, roble) se han sustituido en gran parte con la reforestación de coníferas (pino, abeto, cedro). Los bosques se sitúan sobre todo en las zonas montañosas, de donde se deriva el nombre de "selva" (Wald en alemán) con que se denominan algunos de estos macizos.
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